Байкальский тюлень –нерпа, интересен сам факт обитания типично морского млекопитающего в центре огромного континента. Ученые в большинстве поддерживают гипотезу о проникновении этого вида на Байкал из Северного Ледовитого океана через Енисей и Ангару, либо через Лену, как предполагают, именно по этой реке прежде проходил байкальский сток, есть версия, что байкальская нерпа – результат «местной эволюции». Так или иначе, на озере Байкал существует устойчивая популяция нерпы, численностью несколько десятков тысяч особей. Нерпа щенится ежегодно во второй половине зимы – первой половине весны, принося одного, редко двух детенышей. Байкальская нерпа – великолепный ныряльщик, об этом свидетельствуют такие показатели, как способность погружаться на глубину 200 метров и находиться под водой на озере Байкал дольше 20 минут.
Из более, чем 2630 видов и разновидностей (1550) животных и растений (1085), найденных к настоящему времени в озере, почти 2/3 эндемичны, возникли в нем и нигде больше в мире не встречаются.Из водорослей наиболее многочисленны диатомовые — 509 видов, тетраспоровые и хлорококковые — 99, сине-зеленые — 90, конъюгаты — 48, улотриксовые — 45, золотистые — 28, вольвоксовые — 13 видов и др.
Из животных самые распространенные рачки-бокоплавы (гаммариды) — 255 видов; ракушковых рачков, или остракод, — более 100 видов, брюхоногих моллюсков — 83, олигохет — более 100, планарий около 50, гарпактицидов — 56, простейших — более 300.
В озере обитает 52 вида рыб, относящихся к 12 семействам: осетровые, Acipenseridae, (1 вид — байкальский осетр) ; лососевые, Salmonidae, (5 видов — даватчан, таймень, ленок, байкальский омуль, Coregonus autumnalis migratorius Georgy, сиг) ; хариусовые, Thimallidae, (1 вид — сибирский хариус) ; щуковые, Esocidae, (1 вид) ; карповые, Ciprinidae, (13 видов) ; вьюновые, Cobitidae, (2 вида) ; сомовые, Sibiridae, (1 вид) ; тресковые, Gadidae, (1 вид) ; окуневые, Percidae, (1 вид) ; бычки-подкаменщики, Cottidae, (7 видов) ; Abissocottidae, (20 видов) ; голомянки, Comephoridae, (2 вида) . 29 видов — весьма разнообразных по форме тела, расцветке и образу жизни бычков-подкаменщиков, или широколобков. Два вида — живородящие рыбы, большая и малая голомянки — известны ихтиологам всего мира. Пищевую пирамиду озерной экосистемы венчает типично морское млекопитающее — тюлень, или байкальская нерпа, Pusa sibirica Gmel.
В Байкале 848 видов эндемичных животных — около 60 % и 133 вида эндемичных растений — 15 %. Полностью эндемичны в Байкале 11 семейств и подсемейств, 96 родов, объединяющих около 1000 видов. Все это позволяет выделить озеро в Байкальскую подобласть Голарктики, равноценную громадной по площади Европейско-Сибирской подобласти.